Diagnostic rapide de la sensibilité à l’eutypiose : test-Eutypa

Diagnostic rapide de la sensibilité à l’eutypiose : test-Eutypa
2 juillet 2018

Diagnostic rapide de la sensibilité à l’eutypiose : test-Eutypa

Thématiques

Le projet Test-Eutypa a pour objectif de développer un outil de détection de la sensibilité des cépages à l’eutypiose. Il complète le projet Tolédé qui s’intéresse aux marqueurs génétiques de l’agressivité de champignons responsables des maladies du bois et à ceux liés à la tolérance de la vigne.
Il fait suite aux travaux de thèse réalisés par Chloé Cardot qui avait permis d’identifier un marqueur de la sensibilité des cépages à l’eutypiose (Eutypa lata).

3 gènes marqueurs ont été mis en évidence dans ce travail de thèse : 


•    un gène VvHT5 codant pour un transporteur d’hexoses chez la vigne dont l’expression est fortement induite chez le Merlot, 
•    un gène d’invertase pariétale (VvcwINV1) qui a le même profil d’expression 
•    un gène de transporteur à haute affinité de NO3- dont l’expression s’écroule chez le Merlot. 


Ces modifications d’expression indiquent que l’allocation du carbone dans le cep a surement un rôle significatif dans la résistance de la vigne à Eutypa lata, champignon hétérotrophe pour le carbone, représentant un puit important pour le cep. D’autre part la vigueur à travers la nutrition minérale azotée est également une clef du développement du champignon, en relations avec les observations au vignoble.
Le système d’interaction original sans contact physique du champignon avec les tissus foliaires, mis au point au cours de cette thèse, a permis d’étudier 12 cépages différents et de proposer un classement des niveaux de tolérance à E. lata en se basant sur l’expression des 3 gènes marqueurs décrits ci-dessus. Le classement proposé in vitro est fiable et reproductible. Ce système de culture in vitro permet d’obtenir les réponses en 4 jours sur disques foliaires prélevés directement sur les plantes en culture en pots.

Le second résultat marquant est que devant les difficultés de quantification du champignon in planta par RT-qPCR, un nouveau protocole basé sur des sondes Taqman, beaucoup plus spécifiques et discriminantes, a permis d’envisager le développement d'un test rapide en routine. De plus, une solution de quantification basée sur une technqiue de RT-qPCR a été développée pour limiter les faux positifs directement à partir du bois infecté.

Le projet Eutypa-test s’inscrit dans une démarche de valorisation des outils moléculaires et cellulaires développés dans ce travail de thèse. Il permettra d’apporter une aide à la décision dans les processus de sélection génétique de nouveaux cépages tolérants, tout en gardant un niveau de productivité et de qualité organoleptique indispensable. 

Crédits photo : copyright BNIC / Fabrice Schäck

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