Les nouvelles techniques de séquençage au service de la lutte contre les viroses de la vigne

Les nouvelles techniques de séquençage au service de la lutte contre les viroses de la vigne
3 septembre 2018

Les nouvelles techniques de séquençage au service de la lutte contre les viroses de la vigne

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Le séquençage à haut débit (HTS - High Throughput Sequencing) a révolutionné le décryptage de l’ADN et la recherche en matière de génomique. La puissance de cette technologie permet d’analyser en routine l’intégralité des génomes d’un échantillon dans des temps records et à des coûts abordables. Cette avancée de la technique ouvre de nouvelles voies pour la recherche. Dans le cadre du projet VACCIVINE, piloté par l'Inra de Colmar, elle se met au service de la lutte contre les viroses de la vigne comme le court-noué (principalement causé par un virus, le Grapevine fanleaf virus ou GFLV). 

Dans le cas des virus de la vigne, dont les génomes sont principalement constitués d'ARN, c'est la technique de séquençage de l'ARN, ou RNA-seq qui est utilisée. Cette dernière permet aux chercheurs d'étudier en particulier la diversité des populations de virus sur l'ensemble du génome du GFLV et ainsi de comparer de façon exhaustive les différents variants viraux infectant des ceps aux phénotypes contrastés.

Après prospection dans les vignobles, les échantillons de feuilles de vigne sélectionnés sont envoyés sur la plateforme de HTS du GENOTOUL, située à l'INRA de Toulouse, qui associe plusieurs séquenceurs haut-débit (technologie Illumina).

A ce jour, une centaine d'échantillons en provenance de Champagne, Alsace, Vallée du Rhône, Bourgogne ont été séquencés. Les données recueillies se comptent en téraoctets (To) et nécessitent un temps d'analyse très long par des spécialistes en virologie moléculaire et bio-analyses.

PuceAnalyse bioinformatique

Les premiers résultats HTS ont corroboré ceux des analyses sérologiques (ELISA) et ont en plus permis de mettre en évidence une diversité importante des variants de GFLV au vignoble. Il sera possible de construire des arbres phylogénétiques à partir des informations issues du séquençage. Ces derniers permettront de savoir si des signatures spécifiques à certains génotipes et à certaines régions ou terroirs se dégagent, ce qui témoignerait d'une évolution du virus en situation d'isolement. Cette étude de génétique des populations virales doit se poursuivre jusqu'en 2020 dans le cadre du projet et permettra de mieux comprendre la biologie du GFLV et les interactions entre variants chez la vigne, offrant in fine la possibilité d'utiliser des souches atténuées de GFLV, prémunisantes et efficaces dans chaque vignoble.

Photos : Inra, GenoToul

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