L’identification de marqueurs moléculaires associés à la sensibilité des variétés de vigne à la flavescence dorée permettrait d’aider les sélectionneurs et les viticulteurs dans leurs prises de décisions pour mieux lutter contre la maladie. Le projet MARKFD, piloté par l’INRAE de Bordeaux, recherche de tels marqueurs. Des premières pistes se dessinent, mais demandent encore confirmation.

La flavescence dorée (FD) est une pathologie qui affecte le rendement des vignes en Europe. Elle est provoquée par un phytoplasme, une petite bactérie transmise de vigne à vigne par la cicadelle Scaphoideus titanus. Il n’existe pas à ce jour de traitement contre le phytoplasme en vignoble et on ne connait pas de variétés résistantes. Mais la sensibilité à la maladie peut varier fortement d’une variété à l’autre.

Déterminer cette sensibilité est déjà possible grâce à un protocole  long (9 mois minimum), avec une capacité de l’installation expérimentale limitée, ce qui ne permet de tester qu’une vingtaine de génotypes¹ par an (cf. en fin d'article).

L’enjeu principal du projet MARKFD est de raccourcir le délai et d’augmenter la capacité à prédire la sensibilité d’un génotype ou d’une variété à la FD, grâce à l’identification de marqueurs moléculaires. MARKFD a été sélectionné dans le cadre de l’Appel à Projets 2024 du PNDV.

Cette identification va être effectuée sur une centaine de descendants issus de croisements entre les cépages Magdeleine Noire des Charentes, peu sensible à la FD, et Cabernet Franc, sensible, avec trois étapes.

1. Le phénotypage². Les descendants sont inoculés par le phytoplasme et deux caractères sont mesurés :

                - le nombre de phytoplasmes par gramme de poids frais, traduisant sa multiplication dans la plante.

                - le pourcentage de plantes infectées, traduisant l’efficacité de transmission du phytoplasme par la cicadelle.

2. La caractérisation moléculaire. En parallèle, les profils moléculaires de ces descendants non infectés sont établis en caractérisant :

                - les gènes ou séquences d’ADN (marqueurs génomiques)

                - les ARNs, traduisant l’expression de certains gènes de la plante (marqueurs transcriptomiques).

                - les signatures chimiques (marqueurs métaboliques ou NIRS)

3. Les analyses statistiques. Ces profils moléculaires sont reliés aux deux caractères mesurés (quantité de phytoplasmes et proportion de plantes infectées) par des approches de statistique et de modélisation.

En ce début d’année 2026, les données de sensibilité à la FD sont connues pour 70 individus. Elles ont pu être croisées avec les données génomiques, métaboliques, et de rayonnement infra-rouge (NIRS). Les données transcriptomiques restent encore à déterminer.

Les premiers résultats ont déjà permis d’écarter l’existence de marqueurs infra-rouges exploitables.

Une famille chimique de composés et des séquences ADN semblent être reliées au niveau de sensibilité à la FD. Leur fiabilité statistique en tant que marqueurs doit être confirmée en analysant un plus grand nombre de descendants. Les marqueurs identifiés pourront être utilisés pour la sélection de variétés issues de croisements avec la Magdeleine Noire et/ou le Cabernet Franc.

Ces marqueurs seront ensuite recherchés chez d’autres variétés et lignées génétiques de vigne pour évaluer leur généricité. S’ils y sont retrouvés, ils pourront être utilisés pour orienter la sélection des variétés issues de différents croisements et pour guider les viticulteurs dans leurs choix de plantation. 

¹ : Le génotype est l’ensemble des gènes d’un individu

² : Le phénotype est l’ensemble des caractères apparents d’un individu.

Le protocole de génotypage pour déterminer la sensibilité à la Flavescence Dorée

Le protocole actuel passe par l’inoculation du phytoplasme par la cicadelle à de jeunes plants de vigne en serre de haut confinement. Le temps nécessaire à la réalisation de ces opérations et la taille de la serre sont des factures limitant le nombre de plants pouvant être testés chaque année.

Crédit photo : Isaure SELLIER